La Moldavie est localisée en Europe orientale (voir la liste de points extrêmes de la Moldavie). D’une superficie de 33’843 km², la Moldavie s’étend sur 450 km du nord au sud et 200 km d’est en ouest. Elle occupe le tiers central de l’ancienne Bessarabie telle qu’elle avait été définie en 1812, lorsqu’elle fut enlevée à la Principauté de Moldavie, entre le Prut, le Dniestr et la Mer Noire.
Le reste de la Bessarabie de 1812 appartient aujourd’hui à l’Ukraine : Hotin/Khotin au nord-ouest, et le Boudjak au sud-est (avec les quatre ports de Reni, Izmail, Chilia/Kiliya et Cetatea Alba/Bilhorod-Dnistrovskyi) entre la République de Moldavie, la Roumanie, l’embouchure du Dniestr et la Mer Noire).
Ainsi enclavée, la République de Moldavie s’étend aussi sur une partie de la Podolie (rive gauche du Dniestr) qu’elle partage également avec l’Ukraine. C’est là que se situe la Transnistrie, non reconnue par la communauté internationale.